Exzellente Forschung soll gefördert werden. Israelisch-deutsche Gemeinschaftsvorhaben werden vor allem vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und seinen Partnerministerien finanziert. Die Förderorganisationen stellen zudem neben ihren allgemeinen Angeboten spezielle Förderprogramme für die bilaterale Kooperation zur Verfügung.