Tragende Säulen sind neben der Interministeriellen Kooperation des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF) mit seinen israelischen Partnerressorts die großen Programme, die ebenfalls vom BMBF gefördert und über Stiftungen und Förderorganisationen umgesetzt werden. Forschungseinrichtungen und Universitäten pflegen enge Kooperationsbeziehungen. Hinzu kommen Forschungsförderungsprogramme der Europäischen Union. Politische Stiftungen sind mit ihren Forschungsprogrammen ebenso in der Kooperation mit Israel aktiv wie private Stiftungen.