Die bilaterale Kooperation in den Neurowissenschaften wurde in den Jahren 1998 bis 2009 gefördert. Diese Maßnahme war der Nachfolger der erfolgreichen Kooperation im Bereich der kardio-vaskulären Erkrankungen.

Seit 1976 fördert das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) biomedizinische Projekte im Rahmen einer bilateralen Vereinbarung zwischen Israel und Deutschland zur Förderung wissenschaftlicher Kooperationen. 1998 wechselte der thematische Fokus dieser Fördermaßnahme von kardio-vaskulären zu neurologischen Erkrankungen. Seitdem wurden 23 herausragende Projekte im Bereich der krankheitsorientierten Neurowisschenschaften mit einem Gesamtvolumen von 7 Millionen Euro gefördert. Die erfolgreichen Forschungsgruppen untersuchten Krankheiten wie zum Beispiel die Epilepsie, die Alzheimer-Erkrankung oder neurodegenerative Krankheiten sowie grundlegende Mechanismen, wie das Gehirn auf molekularer und zellulärer Ebene funktioniert. Außerdem wurde ein sehr erfolgreiches Austauschprogramm für junge Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler etabliert. 2008 wurde die bilaterale Kooperation in den Neurowissenschaften durch die Teilnahme beider Länder an dem multinationalen Konsortium ERA-NET NEURON ersetzt. Israelische und deutsche Forschende nehmen seither sehr erfolgreich an den jährlichen Bekanntmachungen teil.

Im Rahmen der Bekanntmachung „Multilaterale Zusammenarbeit in Computational Neuroscience: Deutschland – USA – Israel – Frankreich“ zur Etablierung transnationaler Forschungsnetzwerke laufen aktuell zwei Projekte mit Beteiligung von Forschungseinrichtungen aus Deutschland, Israel und den USA.

In verschiedenen Gebieten der Medizinwissenschaften wurden Minerva Zentren  an mehreren Israelischen Wissenschaftsinstituten gegründet.