Die wissenschaftliche Zusammenarbeit zwischen der deutschen und der israelischen Regierung wird auf deutscher Seite hauptsächlich vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) getragen. Zuständig für die Kooperationsvorhaben sind die jeweiligen Fachabteilungen. Dem BMBF stehen auf israelischer Seite vor allem zwei Counterparts gegenüber: Das Ministerium für Wissenschaft und Technologie (MOST) und das Ministerium für Wirtschaft und Industrie (MOEI).

Die deutsch-israelische Forschungszusammenarbeit von BMBF und dem MOST basiert auf einer Vereinbarung von 1973.

Seit dem Jahr 2000 wurde die interministerielle Kooperation durch eine Vereinbarung zwischen dem BMBF und MOE auf bilaterale Industriekooperationen ausgeweitet.

Im Juni 2011 wurde von der damaligen Bundesforschungsministerin Annette Schavan und dem damaligen israelischen Industrieminister Shalom Simhon ein Regierungsabkommen zu industriegeführter Forschung und Entwicklung sowie zur beruflichen Aus- und Weiterbildung unterzeichnet. 

Anlässlich der Regierungskonsultationen im Jahr 2012 wurde eine Absichtserklärung mit dem Wissenschaftsministerium zur Zusammenarbeit in der Batterieforschung und Elektrochemie unterzeichnet.

Die Intensivierung der deutsch-israelischen Kooperation in der angewandten Nanotechnologie beruht auf einer Vereinbarung, die der damalige Parlamentarische Staatssekretär Thomas Rachel und der damalige Generaldirektor im israelischen Wirtschaftsministerium, Amit Lang, aus Anlass der deutsch-israelischen Regierungskonsultationen im Februar 2016 unterzeichnet haben.

Kooperationsprojekte zwischen Universitäten und Forschungseinrichtungen werden in Zusammenarbeit mit dem MOST gefördert und größtenteils vom BMBF finanziert. Die Finanzierung von Kooperationen zwischen Industriepartnern wird in der Regel zu gleichen Teilen vom BMBF und von den Programmen der Israel Innovation Authority getragen. Von Seiten des BMBF erfolgt die Finanzierung in der Regel aus den Fachprogrammen des BMBF. Dabei werden von den Ministerien grundsätzlich solche Themen berücksichtigt, die sowohl im Rahmen von BMBF-Fachprogrammen gefördert werden als auch den Interessen von MOEI und MOST entsprechen. Die Ergebnisse der Forschungsarbeiten werden in zahlreichen wissenschaftlichen Veröffentlichungen dargestellt und durch Veranstaltungen der Öffentlichkeit zugänglich gemacht.

Die Koordinierung der interministeriellen Forschungszusammenarbeit obliegt den beteiligten Ministerien und Behörden. Die Kooperationen werden fachwissenschaftlich begleitet. Die bilaterale Kooperation wird auch innerhalb europäischer Plattformen, an denen beide Länder teilnehmen, begleitet wie beispielsweise Horizont Europa, EUREKA, Eurostars und COST.

Über Entwicklungen der deutsch-israelischen Forschungszusammenarbeit informiert auch das BMBF auf seiner Website.