Mehrere Stiftungen und große Programme sind speziell der deutsch-israelischen Wissenschaftskooperation gewidmet. Sie werden mit Mitteln des Bundesministeriums für Bildung und Forschung finanziert und setzen ihre Fördermaßnahmen eigenverantwortlich um.

Das seit Jahren größte und facettenreichste Kooperationsprogramm ist Minerva. Daneben spielen die Deutsch-Israelische Stiftung für Wissenschaftliche Forschung und Entwicklung (GIF), die Deutsch-Israelische Projektkooperation (DIP) sowie der Stiftungsfonds der Martin-Buber-Gesellschaft eine tragende Rolle für die Kooperation.