Die Volkswagen-Stiftung unterstützt seit ihrer Gründung im Jahre 1961 in vielfältiger Weise die Forschungskooperation zwischen Israel und Deutschland. Eine erste Förderung in Höhe von damals zwei Millionen DM (1,02 Millionen Euro) ging 1963 für Sach- und Personalmittel im Bereich Physik und Physikalische Biologie an das Weizmann Institute of Science in Rehovot. Auch die Neugründung von Instituten wurde durch die Stiftung nachdrücklich vorangetrieben: 1964 gingen etwa 354.000 DM (181.000 Euro) für die Gründung eines Instituts für Geografie an die Hebräische Universität Jerusalem. Die Universität Tel Aviv profitierte 1970 durch die Förderung eines Instituts für Internationale Beziehungen und eines Instituts für deutsche Geschichte. 2004 finanzierte die Volkswagen-Stiftung die Pilotphase eines German Innovation Center am Interdisciplinary Center Herzliya, das als wissenschaftliche Plattform Deutschlands in der akademischen Welt Israels konzipiert ist.
Die Israelaktivitäten der Stiftung umfassen auch den deutsch-israelischen Wissenschaftleraustausch. So wurden bereits in den Jahren bis 1968 im Rahmen eines Stipendiaten-Austauschprogramms über 80 Aufenthalte deutscher Forschender am Weizmann Institute of Science sowie israelischer Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler in Deutschland finanziert.
Im Rahmen des „Niedersächsischen Vorab“, eines Forschungsförderprogramms des Landesministeriums für Wissenschaft und Kultur, fördert die Volkswagen-Stiftung seit 1977 mit jährlichen Ausschreibungen niedersächsisch-israelische Projekte. Vorrangige Partner in Israel sind die Hebräische Universität Jerusalem und das Technion in Haifa. Die Forschungsthemen kommen aus allen wissenschaftlichen Gebieten, vorrangig jedoch aus der Medizin sowie den Natur- und Ingenieurwissenschaften. Weitere Programminformationen bieten die Grundsätze zur Förderung niedersächsisch-israelischer Forschungsvorhaben auf der Website.
Im Mittelpunkt der Israelaktivitäten der Bertelsmann-Stiftung stehen die Begegnung und der Austausch zwischen jungen Führungskräften. Dazu wurde im Jahr 2000 der Deutsch-Israelische Young Leaders Exchange ins Leben gerufen mit dem Ziel, den zukunftsorientierten Dialog und die Kooperation zwischen jüngeren deutschen und israelischen Führungskräften zu initiieren und zu begleiten. Darüber hinaus kooperiert die Bertelsmann Stiftung mit dem Deutsch-Israelischen Zukunftsforum im Programm „X-Change for Competence. Connecting Societies. Developing Leadership“, einem neuen Format zur Kompetenzentwicklung von israelischen und deutschen Führungskräften.
Die Fritz Thyssen Stiftung mit Sitz in Köln wurde 1959 gegründet und ist die erste große private wissenschaftsfördernde Einzelstiftung, die nach dem Zweiten Weltkrieg in der Bundesrepublik Deutschland errichtet wurde. Die Stiftung bietet Stipendien- und Austauschprogramme mit israelischen Institutionen, fördert Projekte israelischer Forscher sowie wissenschaftliche Tagungen und Vortragsreihen in Israel und die Beteiligung israelischer Forscher an entsprechenden Aktivitäten in Deutschland. Der Förderschwerpunkt liegt im Bereich der Geisteswissenschaften. An der Hebräischen Universität Jerusalem fördert die Stiftung den Schwerpunkt „Molekulare Grundlagen der Parkinson-Krankheit“, am Weizmann Institute of Science ein Projekt zum Einfluss der Proteinproduktion auf das somatosensorische System.
Minna-James-Heineman-Stiftung
Die Heineman-Stiftung vergibt jährlich zwei Stipendien an junge Forschende an Max-Planck-Instituten und am israelischen Weizmann Institute of Science. Gefördert werden die Bereiche Biologie, Medizin und Biomedizin. Jedes der beiden Stipendien umfasst 80.000 Euro. Zudem wird jährlich der James Heineman Preis an eine oder einen junge(n) Forschende(n) an einem Max-Planck-Institut oder am Weizmann Institute of Science verliehen. Der Preis ist mit 60.000 Euro dotiert.
Die Hubert Burda Stiftung konzentriert ihre Israelaktivitäten auf das 1999 gegründete "Hubert Burda Center of Innovative Communications" an der Ben-Gurion Universität in Beer Sheva. Das Center dient dem interkulturellen und zukunftsorientierten Austausch zwischen Medienwissenschaftlern, Unternehmern und Politikern.
Die ZEIT-Stiftung Ebelin und Gerd Bucerius in Hamburg konzentriert sich bei ihrer Wissenschaftsförderung in Israel auf die Universität Haifa. Das dort von ihr gegründete Bucerius Institute for Research of Contemporary German History and Society ermöglicht längere Forschungsaufenthalte für den wissenschaftlichen Nachwuchs sowie für Gastprofessorinnen und Gastprofessoren. Seit 2008 wird das Manfred Lahnstein-Stipendium ausgeschrieben. Es richtet sich jährlich an zwei bis drei Promovierende aller an der Universität Haifa vertretenen Fächer.