Zahlreiche deutsche Universitäten pflegen eine intensive Zusammenarbeit mit israelischen Partnern. Die Zusammenarbeit erstreckt sich auf alle wissenschaftlichen Disziplinen. Neben Schwerpunkten in den Natur- sowie Geistes- und Sozialwissenschaften nehmen auch die Künste einen prominenten Rang in der Zusammenarbeit ein. Die genutzten Kooperationsinstrumente reichen vom Studierendenaustausch über die Kooperation in der Lehre bis hin zu gemeinsamen Forschungsvorhaben.

Im Februar 2020 verzeichnete die Hochschulrektorenkonferenz (HRK) 251 Kooperationen deutscher und israelischer Hochschulen. An diesen Kooperationen beteiligtes sich 124 deutsche und 33 israelische Hochschulen sowie drei weitere israelische Forschungseinrichtungen. Die Hebräische Universität Jerusalem ist mit 34 Kooperationen am häufigsten auf israelischer Seite beteiligt, häufigster Partner auf deutscher Seite ist die Freie Universität Berlin.

Einen Überblick über die deutschen Universitäten bietet der Hochschulkompass der HRK.