Mit dem Stiftungsfond Martin-Buber-Gesellschaft rief das BMBF 2010 ein Förderinstrument ins Leben, das ausschließlich der deutsch-israelischen Kooperation in den Geistes- und Sozialwissenschaften gewidmet ist. Jährlich werden je fünf deutsche und israelische Postdoktoranden ausgewählt, um gemeinsam an der Hebrew University Jerusalem zu allen Themen der Geistes- und Sozialwissenschaften zu forschen.
Zu den vom BMBF und den gastgebenden israelischen Wissenschaftseinrichtungen ko-finanzierten Minerva-Zentren gehören auch wichtige Einrichtungen der geistes- und sozialwissenschaftlichen Forschung. Die Hebräische Universität Jerusalem beherbergt das Richard Koebner Zentrum für deutsche Geschichte, das Franz Rosenzweig Zentrum für deutsche jüdische Literatur und Kulturgeschichte sowie das Minerva-Zentrum für Menschenrechte an der juristischen Fakultät. Das Minerva-Zentrum für Geisteswissenschaften an der Universität Tel Aviv integriert in seinem ausdrücklich interdisziplinären Profil kultur-, politik-, medienwissenschaftliche und religionswissenschaftliche Zugänge zu modernen gesellschaftlichen Phänomenen. An derselben Universität ist auch das Minerva-Zentrum für deutsche Geschichte und die Alfred Wiener Bibliothek für Holocaust- und NS-Forschung. Im 50. Jubiläumsjahr der deutsch-israelischen Beziehungen 2015 wurde mit dem Minerva Zentrum für die Beziehung zwischen Israel und Aram in biblischer Zeit ein weiteres Zentrum den Geisteswissenschaften gewidmet. Es wird gemeinsam von der Universität Bar Ilan und der Universität Leipzig geführt.
Auch in den beiden weiteren großen, vom BMBF finanzierten Programme zur deutsch-israelischen Kooperation, der Deutsch-Israelischen Projektpartnerschaft und der German Israeli Foundation, werden regelmäßig geistes- und sozialwissenschaftliche Projekte gefördert.
Jüngere Initiativen zur Internationalisierung der geistes- und sozialwissenschaftlichen Forschung haben auch die Kooperation mit Israel gestärkt. Seit 2007 unterstützt das BMBF die internationalen Käte Hamburger Kollegs für geisteswissenschaftliche Forschung. Das an der Ruhr-Universität Bochum angesiedelte Kolleg Dynamiken der Religionsgeschichte zwischen Asien und Europa erforscht interreligiöse Wechselwirkungen und intrareligiöse Entwicklungen. Zu den Projektpartnern zählt u.a. die Hebräische Universität Jerusalem. Unter dem Dach der Geisteswissenschaftlichen Zentren Berlin, die vom Land Berlin und dem BMBF finanziert werden, pflegt vor allem das Zentrum für Literatur- und Kulturforschung enge Kontakte nach Israel. Zu seinen institutionellen Kooperationspartnern gehören die beiden Minerva-Zentren für Geisteswissenschaften (Universität Tel Aviv) und das Franz-Rosenzweig Minerva-Zentrum (Hebräische Universität Jerusalem). Ein im Jubiläumsjahr 2015 – 50 Jahre Diplomatische Beziehungen Deutschland-Israel – gestartetes Projekt stand unter dem Titel „Die deutsch-israelischen Beziehungen in den Geisteswissenschaften zwischen 1970 und 2000. Studien zu Wissenschaft und Bilateralität“. In ihm arbeitete das Fritz-Bauer-Institut mit dem Rosenzweig-Zentrum und dem van Leer Jerusalem Institute zusammen.
Eine intensive Zusammenarbeit führen Deutschland und Israel bei der Entwicklung und Abstimmung von Lehrwerken für den Unterricht der Sekundarstufe. Die Deutsch-Israelische Schulbuchkommission (DISBK) Institut für Forschung im Bereich der Lehrerausbildung in Tel Aviv koordiniert.
Ein früherer Schwerpunkt gemeinsamer Forschung betraf vergleichbare Herausforderungen der deutschen und israelischen Gesellschaft mit Blick auf Migration und Integration. Im Fokus standen die Einwanderung aus den Staaten der früheren Sowjetunion sowie die Rolle bevölkerungsstarker Minoritäten. Die Universitäten Jena, Chemnitz, Leipzig, Mannheim, Bielefeld, Haifa und Tel Aviv arbeiteten dazu von 2006 bis 2010 mit BMBF-Förderung zusammen.