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Mehrere bilaterale Programme widmen sich bereits seit 1964 speziell der deutsch-israelischen Wissenschaftskooperation. Sie werden auf deutscher Seite in der Regel aus Mitteln des Bundesministeriums für Bildung und Forschung finanziert und setzen ihre Fördermaßnahmen eigenverantwortlich um.
Das seit Jahren größte und facettenreichste Kooperationsprogramm ist Minerva. Daneben spielen die Deutsch-Israelische Stiftung für Wissenschaftliche Forschung und Entwicklung (GIF), der Stiftungsfonds der Martin-Buber-Gesellschaft (MBSF) sowie die Deutsch-Israelische Projektkooperation (DIP) eine tragende Rolle für die deutsch-israelische Zusammenarbeit.
Die Minerva Stiftung GmbH ist eine Tochter der Max-Planck-Gesellschaft. Seit etwa 60 Jahren trägt sie die deutsch-israelische Kooperation. Über die Jahrzehnte entstanden mehrere Programmlinien, die sowohl individuelle als auch institutionelle Fördermaßnahmen umfassen.
Die Stiftung fördert seit 1986 deutsch-israelische Projekte der Grundlagen- und der angewandten Forschung. Die GIF hat 2021 durch die Auflegung des NEXUS-Programmes ihr Förderprogramm neu strukturiert.
Das Programm dient der Förderung größerer, mehrjähriger Exzellenzvorhaben der deutsch-israelischen Zusammenarbeit. Die Kooperation wird seit 2008 von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) administriert.
Der Stiftungsfonds fördert seit 2010 die Zusammenarbeit deutscher und israelischer Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler in den Geistes-, Kultur- und Sozialwissenschaften an der Hebräischen Universität in Jerusalem.