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Die deutschen Förder- und Mittlerorganisationen tragen mit umfangreichen Aktivitäten wesentlich zur Kooperation mit Israel bei. Die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) finanziert vorwiegend Forschungsprojekte mit deutsch-israelischer Beteiligung, während beim Deutschen Akademische Austauschdienst (DAAD) und der Alexander von Humboldt-Stiftung (AvH) die Individualförderung im Vordergrund steht.
Mit Förderung durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft sind zahlreiche deutsche und israelische Partner an Forschungsprojekten beteiligt. Zudem setzt die DFG die Deutsch-Israelische Projektkooperation (DIP) um.
Der DAAD fördert Studierende und Forschende aus beiden Ländern in einer Vielzahl von leistungsorientierten Stipendienprogrammen. 2014 eröffnete er ein neues Informationszentrum in Tel Aviv. Er pflegt ein breites Alumninetzwerk in Israel.
Israelische Wissenschaftlerinnnen und Wissenschaftler haben großen Erfolg im Wettbewerb um die exzellenzorientierten Forschungsstipendien und –preise der Alexander von Humblodt-Stiftung. Wissenschaftlicher Nachwuchs aus Deutschland erhält Förderungen für Forschungen in Israel.