Zahlreiche deutsche Universitäten pflegen eine intensive Zusammenarbeit mit israelischen Partnern. Die Zusammenarbeit erstreckt sich auf alle wissenschaftlichen Disziplinen. Neben Schwerpunkten in den Natur- sowie Geistes- und Sozialwissenschaften nehmen auch die Künste einen prominenten Rang in der Zusammenarbeit ein. Die genutzten Kooperationsinstrumente reichen vom Studierendenaustausch über die Kooperation in der Lehre bis hin zu gemeinsamen Forschungsvorhaben.
2025 verzeichnete die Hochschulrektorenkonferenz (HRK) 305 Kooperationen deutscher und israelischer Hochschulen.An diesen Kooperationen beteiligten sich 146 deutsche und 35 israelische Hochschulen sowie drei weitere israelische Forschungseinrichtungen.
Die „Bezalel Academy of Arts and Design“ in Jerusalem mit 35 Kooperationen war auf israelischer Seite am häufigsten beteiligt, gefolgt von der Universität Tel Aviv mit 33 Kooperationen und der Hebräischen Universität Jerusalem mit 32 Kooperationen. Die am häufigsten vertretenen deutschen Institutionen sind die Friedrich Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, die Georg-August-Universität Göttingen, die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, die Friedrich-Schiller-Universität Jena und die Universität Kassel.
Einen Überblick über die deutschen Universitäten bietet der Hochschulkompass der HRK.