Zahlreiche deutsche Universitäten pflegen eine intensive Zusammenarbeit mit israelischen Partnern. Die Zusammenarbeit erstreckt sich auf alle wissenschaftlichen Disziplinen. Neben Schwerpunkten in den Natur- sowie Geistes- und Sozialwissenschaften nehmen auch die Künste einen prominenten Rang in der Zusammenarbeit ein. Die genutzten Kooperationsinstrumente reichen vom Studierendenaustausch über die Kooperation in der Lehre bis hin zu gemeinsamen Forschungsvorhaben.
2024 verzeichnete die Hochschulrektorenkonferenz (HRK) 290 Kooperationen deutscher und israelischer Hochschulen. An diesen Kooperationen beteiligten sich 139 deutsche und 35 israelische Hochschulen sowie 3 weitere israelische Forschungseinrichtungen.
Die Universität Tel Aviv ist auf israelischer Seite mit 31 Kooperationen am häufigsten beteiligt, gefolgt von der in Jerusalem mit 30 Kooperationen und der Hebräischen Universität Jerusalem mit 29 Kooperationen .
Die am häufigsten vertretenen deutschen Institutionen sind mit je 6 Kooperationen: die Friedrich‑Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, die Georg-August-Universität Göttingen, die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, die Friedrich-Schiller-Universität Jena und die Universität Kassel.
Einen Überblick über die deutschen Universitäten bietet der Hochschulkompass der HRK.