Seit fünf Jahrzehnten kooperiert das Bundesforschungsministerium mit dem israelischen Ministerium für Innovation, Wissenschaft und Technologie. In der industrienahen Zusammenarbeit ist das israelische Wirtschaft und Industrie seit der Jahrtausendwende Kooperationspartner.
Die bilaterale Zusammenarbeit in Forschung und Innovation auf Regierungsebene wird auf deutscher Seite hauptsächlich vom Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt (BMFTR) getragen. Zuständig für die Kooperationsvorhaben sind die jeweiligen Fachabteilungen. Das Ministerium für Innovation, Wissenschaft und Technologie (MOST) und das Ministerium für Wirtschaft und Industrie (MOEI) sind die wichtigsten Kräfte in Israel. Auch andere Ministerien, wie auf deutscher Seite beispielsweise das Bundesministerium für Wirtschaft und Energie (BMWE) arbeiten in ihrer Ressortzuständigkeit mit israelischen Partnern zusammen.
Die Zusammenarbeit zwischen BMFTR und MOST gründet auf einem Briefwechsel aus dem Jahr 1973.
Grundlage für die BMFTR-Zusammenarbeit mit dem MOEI war zunächst eine Protokollerklärung aus dem Jahr 2000. Die damalige deutsche Bundesforschungsministerin und der ehemalige israelische Industrieminister unterzeichneten 2011 ein Regierungsabkommen zu industriegeführter Forschung und Entwicklung und zu beruflicher Aus- und Weiterbildung.
Anlässlich der deutsch-israelischen Regierungskonsultationen im Jahr 2012 vereinbarten die Forschungsministerien beider Länder eine Zusammenarbeit in der Batterieforschung und Elektrochemie.
Die Intensivierung der deutsch-israelischen Kooperation in der angewandten Nanotechnologie beruht auf einer Vereinbarung des Bundesforschungsministeriums mit dem MOEI anlässlich der deutsch-israelischen Regierungskonsultationen 2016.
Kooperationsprojekte zwischen Universitäten und Forschungseinrichtungen werden vom BMFTR in Zusammenarbeit mit dem MOST gefördert. Von Seiten des BMFTR erfolgt die Finanzierung in der Regel aus den Fachprogrammen des BMFTR. Dabei werden grundsätzlich Themen berücksichtigt, die sowohl im Rahmen von BMFTR-Fachprogrammen gefördert werden als auch den Interessen von MOEI und MOST entsprechen.
Die Koordinierung der interministeriellen Forschungszusammenarbeit obliegt den beteiligten Ministerien und Behörden. Die Kooperationen werden fachwissenschaftlich begleitet.
Das Bundeswirtschaftsministerium hat 2022 eine Energiepartnerschaft mit dem israelischen Ministerium für Energie (MoE) vereinbart. Ziel der Deutsch-Israelischen Energiepartnerschaft ist es, die Weiterentwicklung von Technologien zur Bereitstellung zuverlässiger, nachhaltiger und bezahlbarer Energie gemeinsam voranzutreiben. Das BMWE kooperiert darüber hinaus mit dem Israel Europe R&D Directorate (ISERD) im Rahmen von EUREKA. Auf deutscher Seite werden die gemeinsamen industrienahen Projekte aus dem Zentralen Innovationsprogramm Mittelstand (ZIM) gefördert.
Seit Juli 2014 ist eine zwischen dem Auswärtigen Amt und dem israelischen Außenministerium vereinbarte Territorialklausel in Kraft, die sicherstellt, dass geförderte bilaterale Forschungsprojekte nur mit Partnern innerhalb der Grenzen von 1967 durchgeführt werden:
„Projekte (einschließlich ihrer Partner), die durch die deutsche Regierung gefördert werden, müssen ihren Sitz in jenem geografischen Gebiet haben, das sich bereits vor dem 5. Juni 1967 unter der Jurisdiktion des Staates Israel befand. Dies enthält keine Aussage über den Status der Gebiete, die nach Juni 1967 unter israelische Verwaltung fielen, und präjudiziert nicht Israels grundsätzliche Position in dieser Angelegenheit.“
Eine intensive Kooperation erfolgt auch innerhalb europäischer Plattformen, an denen beide Länder teilnehmen wie beispielsweise Horizont Europa, EUREKA, Eurostars und COST.
Über Entwicklungen der deutsch-israelischen Forschungszusammenarbeit informiert auch das BMFTR auf seiner Website.